Il Museo plebano fu fondato nel 1955 dal prevosto Alfredo Maggetti in collaborazione con Giovanni Boffa, con lo scopo di raccogliere ed esporre monete romane, avelli romani, nord-etruschi e altomedievali rinvenuti nella regione, nonché arredi sacri e due stendardi di Carlo VI d’Austria. 

Vide la sua prima sede ampliarsi e rinnovarsi nel 1991, in occasione delle celebrazioni per il 700mo della Confederazione svizzera. 

Situato nella casa del Beneficio Parrocchiale, attigua alla Collegiata dei Santi Giovanni e Provino, il piccolo museo conteneva documenti d'archivio capitolare e pergamene. Una pergamena in particolare, con la data del 735, scritta in lingua merovingia, attesta l'esistenza di un "presbiterium" ad Agno; numerose pergamene originali dal 1190 al 1520 munite di sigilli papali riguardano le nomine dei diversi prevosti della pieve. Nel museo, benché lo spazio fosse limitato, trovavano posto importanti testimonianze del passato, tra le quali il famoso stendardo di Carlo VI d’Austria, omaggiato anche dal generale Suvorov, che nel settembre 1799 alloggiò per alcuni giorni una parte dei soldati dell'armata austro-russa proprio nella chiesa stessa. Sempre a proposito di Suvorov, in una bacheca vi era una collezione di medaglie che ricordano la campagna d'Italia delle truppe austro-russe. Al centro del locale era sistemato uno splendido sarcofago longobardo in pietra e due altri sarcofaghi, uno bizantino e uno di origine nord-etrusca. Vi erano esposte pure tombe nord-etrusche, romane longobarde e bizantine scoperte ad Agno e nelle immediate vicinanze (sarcofaghi), nonché interessanti reperti di antiche ville romane (anfore, vasi, mortai, resti di tubature romane, cocci, amuleti, monete, utensili, ecc.) tutti trovati nella zona di Agno. Le antiche vestigia archeologiche testimoniano con ogni probabilità il fatto che Agno fu il centro di un pagus. Al primo piano erano esposti argenti e tele sacre.

Piccola guida disponibile gratuitamente presso la cancelleria, fino a esaurimento.